第二季紧接第一季结尾。千鹤跟随新选组撤离京都，前往江户。土方岁三为对抗敌人的罗刹队（人造鬼军团），开始强迫队员服用改良版变若水。但随着战斗升级，副作用暴露：服药后的队员逐渐丧失人性，变成只知杀戮的真正恶鬼。土方面临终极选择：解散新选组保全残存的队员，或继续用药、让所有人变成鬼也要维护“武士”的尊严。千鹤的身份也被揭晓——她是纯血鬼族之女，她的血可以抑制鬼化。但这意味着，她必须每日割腕供血给所有队员。动画最终话，土方岁三说出那句经典台词：“我不想成为鬼，我只想以武士的身份死去。”全剧在鸟羽伏见之战的漫天火光中落幕。
乙女向的皮，悲剧内核的骨。第二季比第一季暗黑十倍，每一集都在死人。土方从“冷面副长”到“为守护而变成鬼”的弧光写尽幕末武士的末路。千鹤不再是花瓶，她的血是拯救也是诅咒。
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